#include <mega8535.h>
 
#define R_channel OCR1AL //Определяем канал OCR1AL для Красного цвета
#define G_channel OCR1BL //Определяем канал OCR1BL для Зеленого цвета
#define B_channel OCR2   //Определяем канал OCR2 для Синего цвета
 
#define RGB_pause 2000 //Пауза для задержки
 
//Программа формирования задержки
void pause (unsigned int a)
{
unsigned int i; //Переменная для задержки
for (i=a;i>0;i--); //Цикл формирования задержки
}
 
//Программа инициализации ШИМ
void init_pwm (void)
{
//Инициализация порта
DDRD=0xFF; //OC1A,OC1B,OC2 - выхода
 
TCCR1A=0b10100001; //Конфигурация счетчика OC1A      A1
TCCR1B=0b00000001; //Конфигурация счетчика OC1B      01
TCCR2=0b01100001; //Конфигурация счетчика OC2      61
 
//Установка начальных значений счетчиков
OCR1AL=0xff; //Соответсвует Красному цвету
OCR1BL=0x00; //Выключен 0
OCR2=0x00;   //Выключен 0
}
 
//Основная программа
void main(void)
{
unsigned char i;
 
init_pwm(); //Инициализация ШИМ каналов
 
while (1) //Вечный цикл
{
for(i=0;i<255;i++) //Переход от красного к зеленому
{
R_channel--;
G_channel++;
pause(RGB_pause);
}
for(i=0;i<255;i++) //Переход от зеленого к синему
{
G_channel--;
B_channel++;
pause(RGB_pause);
}
 
for(i=0;i<255;i++)//Переход от синего к красному
{
B_channel--;
R_channel++;
pause(RGB_pause);
}
}
}

#include <mega48.h>
 
#define R_channel OCR0A //Определяем канал OCR1AL для Красного цвета
#define G_channel OCR0B //Определяем канал OCR1BL для Зеленого цвета
#define B_channel OCR2A   //Определяем канал OCR2 для Синего цвета
 
#define RGB_pause 2000 //Пауза для задержки
 
//Программа формирования задержки
void pause (unsigned int a)
{
unsigned int i; //Переменная для задержки
for (i=a;i>0;i--); //Цикл формирования задержки
}
 
//Программа инициализации ШИМ
void init_pwm (void)
{
DDRB=0x08;
DDRD=0x68;
 
TCCR0A=0xA3;
TCCR0B=0x01;               
TCCR2A=0xA3;
TCCR2B=0x01;             
 
//Установка начальных значений счетчиков
OCR0A=0xff; //Соответсвует Красному цвету
OCR0B=0x00; //Выключен 0
OCR2A=0x00;   //Выключен 0
OCR2B=0x00;   //Выключен 0
}
 
//Основная программа
void main(void)
{
unsigned char i;
 
init_pwm(); //Инициализация ШИМ каналов
 
while (1) //Вечный цикл
{
for(i=0;i<255;i++) //Переход от красного к зеленому
{
R_channel--;
G_channel++;
pause(RGB_pause);
}
for(i=0;i<255;i++) //Переход от зеленого к синему
{
G_channel--;
B_channel++;
pause(RGB_pause);
}
 
for(i=0;i<255;i++)//Переход от синего к красному
{
B_channel--;
R_channel++;
pause(RGB_pause);
}
}
}

Попробуйте заменить OCRnXL просто на OCRnX.

#include <mega8535.h>
TCCR1A=0b10100001; //Конфигурация счетчика OC1A      A1
TCCR1B=0b00000001; //Конфигурация счетчика OC1B      01
TCCR2=0b01100001; //Конфигурация счетчика OC2      61