Здравствуйте!
Хочу попробовать прошить Atmega88 в TQFP-32 корпусе, вроде нашел как: http://we.easyelectronics.ru/HomeTech/t ... aniya.html
Вопрос: тут https://mysku.ru/blog/ebay/31807.html используют консольную утилиту avrdude, фьюзы будут такие же как и там? Конденсатор и сопротивления на сколько?

Фьюзы будут такие, как вам нужно. Т.е. зависящие от того, в какой системе будет работать чип и что он будет делать.
Резисторы, если я верно понял, какие: 510 - 1к
Конденсатор - 50-100 мк

А как определить какие мне нужны фьюзы?

PCBWay - всего $5 за 10 печатных плат, первый заказ для новых клиентов БЕСПЛАТЕН

Сборка печатных плат от $30 + БЕСПЛАТНАЯ доставка по всему миру + трафарет

Онлайн просмотровщик Gerber-файлов от PCBWay + Услуги 3D печати

Судя по вопросу, я бы вам настоятельно рекомендовал пока вообще к фьюзам не прикасаться (оставить заводские). Я думаю, они и нужны

Выбираем схему BMS для заряда литий-железофосфатных (LiFePO4) аккумуляторов

Обязательным условием долгой и стабильной работы Li-FePO4-аккумуляторов, в том числе и производства EVE Energy, является применение специализированных BMS-микросхем. Литий-железофосфатные АКБ отличаются такими характеристиками, как высокая многократность циклов заряда-разряда, безопасность, возможность быстрой зарядки, устойчивость к буферному режиму работы и приемлемая стоимость. Но для этих АКБ очень важен контроль процесса заряда и разряда для избегания воздействия внешнего зарядного напряжения после достижения 100% заряда. Инженеры КОМПЭЛ подготовили список таких решений от разных производителей.

Подробнее>>

Так а прошивать мне как, какие использовать, которые на сайте указаны в примере?

Новый аккумулятор EVE серии PLM для GSM-трекеров, работающих в жёстких условиях (до -40°С)

Компания EVE выпустила новый аккумулятор серии PLM, сочетающий в себе высокую безопасность, длительный срок службы, широкий температурный диапазон и высокую токоотдачу даже при отрицательной температуре. Эти аккумуляторы поддерживают заряд при температуре от -40/-20°С (сниженным значением тока), безопасны (не воспламеняются и не взрываются) при механическом повреждении (протыкание и сдавливание), устойчивы к вибрации. Они могут применяться как для автотранспорта (трекеры, маячки, сигнализация), так и для промышленных устройств мониторинга, IoT-устройств.

Подробнее>>

Если в примере есть, как их ставить, тогда конечно такие и устанавливать.

В примере просто указано
Для каждого кода или проекта они будут свои или есть какие-то универсальные, с которыми точно не ошибешься?

Для начало надо определиться с типом программатора.
USB15 - такого нет интерфейса.
Между -b 19200 не должно быть пробела.

Arduino ISP
Самое первое сообщение, вторая ссылка - с сайта пример

Скачайте от сюда avrdudeprog33.
Запустите прогу AVRDUDEPROG.exe

Спойлер

Выберите тип контроллера Atmega88
Тип программатора AVR_ISP
Порт, на каком висит программатор
и .... пользуйтесь.

Спасибо! Приедет - попробую

чесно говоря если нет адаптера лучше предусмотреть на плате разьем внутрисхемной прошифки-даже китайцы это делают а вот наши казлы нет!!! кстати если обвязка мешает прошиве надо схемку или разводку gjasbrcbnm до изготофки платы прошивать поверте самоделку придется не раз