Однозначно dsPIC33 (например dsPIC33FJ128MC802) или PIC24E (например PIC24EP32MC202) с модулем энкодера. 2000 оборотов - это чисто моторный энкодер и смешно экономить сто-двести рублей на устройстве для станка.
Ну или STM32 (например STM32F103) с таким же модулем.
А для регулировки механическим энкодером безусловно использовать опрос по таймеру с интервалом больше, чем время дребезга примененного энкодера. Обычно это 2...5 мс на дребезг, что дает 10...15 мс опроса как вполне адекватные с учетом износа энкодера со временем. Использовать прерывания по контактам самого энкодера - беспонтовая глупость. С точки зрения такого устройства - это не реальное время и потому не требует непосредственного механизма прерываний. Более того, регуляторы подобного типа имеют зрительную обратную связь через дисплей-индикатор. То есть пропуски при очень быстром вращении совершенно незаметны.