if (!(PINE &= (1<<PE1)))

if(!(PINE & (1<<PE1)))

PORTE = (1<<PE0) | (1<<PE1);

#define F_CPU 8000000UL   //obyavleniye chastoty CPU mk
#include <avr/io.h>   //podklucheniye biblioteki mk
#include <avr/interrupt.h>   //podklucheniye biblioteki zaderjek
#include <util/delay.h>   //podklucheniye zaderjek
#include <stdio.h>

static void ti_in(void)
{
   TCCR1A|=0;   //регистр управления таймером/счетчиком
   TCNT1|=0;   //Регистр таймера/счетчика
   OCR1A=Sch;   //значение сравнения, до 16 бит
   TIMSK|=(1<<OCIE1A);
   TCCR1B|=(1<<CS12)|(1<<WGM12);   //установка делителя, режима работы таймера
}

ISR(TIMER1_COMPA_vect)   //функция, выполняемая автоматически, при совпадении числел - счетчика и установленного значения
{
   PORTC=~PORTC;
}

static void TI_Write(unsigned int Sch)
{
 //unsigned int sreg = SREG;
 //cli();
 OCR1A=Sch;
//SREG=sreg;
}

int main(void)
{
   cli();
   DDRC=0xFF;
   PORTE = (1<<PE0) | (1<<PE1);
   unsigned int Sch=100; //в реале период / 2
   ti_in();
   sei();

    while (1)
    {
      if (!(PINE & (1<<PE1)))
       TI_Write(300);

      if (!(PINE & (1<<PE0)))
       TI_Write(1000);
    }
}

void TI_Write(unsigned int Sch1)
{
 OCR1A=Sch1;
}

void ti_in(void)
{
   TCCR1B = 0; // И ПЕРВОЙ СТРОЧКОЙ ЭТО БЫ ДОБАВИЛ
   TCCR1A=0;   //регистр управления таймером/счетчиком
   TCNT1=0;   //Регистр таймера/счетчика
   OCR1A=Sch;   //значение сравнения, до 16 бит
   TIMSK=(1<<OCIE1A);
   TCCR1B=(1<<CS12)|(1<<WGM12);   //установка делителя, режима работы таймера
}

    while (1)
    {
      uint8_t Value;
      Value = PINE;
      if (!(Value & (1<<PE1)))
       OCR1A=300;

      if (!(Value & (1<<PE0)))
       OCR1A=1000;
    }

OCR1A = 300;
_delau_ms(1000);
OCR1A = 1000;
_delay_ms(1000);