Если посмотреть на картинку то увидим.
1. Участок где работает дроссель, насколько его хватило. Этот участок должен длится до участка 3.
2. Участок где ток дросселя кончился (разорвался) и трансформатор предоставлен сам себе.
3. участок схемы где открыт один из ключей, и в дросселе запасается энергия.
Как видим для вашего тока индуктивность дросселя недостаточна, он не может запасти столько энергии что бы её хватило до следующего импульса. Для нормальной работы надо увеличить ток нагрузки или увеличить индуктивность дросселя.