Никогда раньше не работал именно с 2560й мегой
И стало нужно много ШИМ каналов.
Третий, четвертый и пятый таймеры работают в режиме трехканальных ШИМ, всего девять, норм.
И если третий таймер работает совершенно нормально со всеми каналами, то четвертый и пятый странно, нельзя сделать скважность больше половины на втором и третьем канале, первый работает корректно.
Типа я пишу в регистры каналов 0xFA на первом канале все норм почти 100% заполнение, а на втором и третьем по 50%
Все таймеры настроены одинаково: Phase Correct PWM восьмиразрядный.

Добавлено after 4 hours 24 minutes 2 seconds:
Прошу прощения, оказался глюк Протеуса, в железе все работает норм.

Много это сколько?
Может стоит обратить внимание на что-то типа STM32F103C8T6 у которого 16 каналов 16-ти битного ШИМ. Есть МК с еще большим числом ШИМ каналов в том числе с 32-ух битным ШИМ.

В 2560 9 каналов 16 разрядного ШИМа и еще 4 8 разрядного.
И очень много портов, что мне важно ибо много чем надо рулить и много за чем смотреть концевиками и энкодерами.
Изучать STM смысла для себя не вижу, ибо AVR полностью меня устраивает.

PCBWay - всего $5 за 10 печатных плат, первый заказ для новых клиентов БЕСПЛАТЕН

Сборка печатных плат от $30 + БЕСПЛАТНАЯ доставка по всему миру + трафарет

Онлайн просмотровщик Gerber-файлов от PCBWay + Услуги 3D печати