Нашёл такое упоминание в описании и не пойму это аппаратное устройство или просто загрузчик, схем и фоток тоже не находится. https://github.com/dhowland/EasyAVR
Могу предположить что это какойто загрузчик для мег с usb чуть ли не от производителя, который и использует этот софт.
Вот только если он не зашит там с завода намертво, для первой прошивки всё равно использовать другой программатор? Если я использую другую прошивку она же его затрёт, хотя все они используют его.

Не знаю плясать приделывая какойто другой или всётаки приделать этот, но иметь другой для страховки

По описанию похоже на стандартный загрузчик AT90USBx. Если это он, просто подключаете к компьютеру и микросхема должна определиться как Atmel что-то там, тогда с ней сможет работать Flip или его аналоги. В этом огромный плюс таких микросхем - не нужен отдельный программатор.

Я так понял это под никсы типо маков, что делать с папкой для венды непонятно https://github.com/dfu-programmer/dfu-programmer .
Мне всё таки кажется что какойто загрузчик шить надо, но его нет.

Поставил Flip 3.4.7 , выбираю контролер, жму usb , порт не открывается, и с зажатым сбросом держал бестолку
Почитал форумы, пишут что ему надо драйвер поверх того что есть.
Тупость в том что у меня законченное устройство которое както надо обновлять и оно определяется как десяток других, при всём желании я его не найду в системе.
Накатил на него ардуиновский загрузчик, теперь определяется как леонардо, но тот драйвер поверх не лезет.
Flip для usb устройств не жизнеспособен, не зря о нём нет упоминаний, dfu скорее работает както ещё.

Наверно проще будет потом запаять ещё один контролер и шить дудкой, а пока и stk500 обойдусь, понять бы как теперь его настроить, прога на питоне.

----
Потратил 2 часа в попытке собрать пока не наткнулся на готовое https://sourceforge.net/projects/dfu-programmer/
Но в итоге опять упёрся в установку драйвера который венда не признаёт https://github.com/tmk/tmk_keyboard/wik ... or-Windows
Кароче барахло для линупсов

У него должен быть родной загрузчик, если вы его не потерли. Чтобы запустить именно его надо шаманить с ногой HWB. Подробнее не вспомню - когда делал тестовую плату для AT90USB162 не знал про это и не развел этот вывод. Потом переделывать было лень и на родной загрузчик я забил: если надо прошить хватает обычного ISP и не менее обычного avrdoper-hid.
Между прочим, если есть сильное желание, можете переписать загрузчик, чтобы прикидывался флешкой. Он, правда, побольше, зато спецсофт не понадобится. А можете написать и свой загрузчик, прошивающий через любой интерфейс, хоть UART, хоть АЦП.

Нога HWB у ардуины подключена на корпус, неужто кнопку мутить.

Загрузчик там если и был то ардуиновский, сейчас его восстановил он поставил efuse cb . Перешил его на c3 по калькулятору, Flip 3.4.7 всё равно контролер не видит.

Как оказалось всё проще, загрузчик лежит прямо на странице ATmega32U4 .
Фьюзы ардуиновские правильные, птичку надо наоборот не ставить.
Вот такие чудеса у SPEIN одно у HWBE другое, похоже косяк в калькуляторе.

Контролер увиделся осталось заставить его работать

Программа для компа работающая с ардуино-загрузчиком (Boot32u4.exe) и с оригинальным загрузчиком. Надеюсь поможет.

Посмотрю, но мне кажется это лишние движения и проще будет приделать stk500v2 .
Программа не моя и возможно она залезает туде где загрузчик или ещё что и просто не стартует, врятли тут будет лучше.
Кроме того сам софт не работает, так что смысл в такой прошивалке только для экономии деталей