Есть два отдельных проекта в студии.
1. Загрузчик
2. Сама программа для устройства.
Как их объединить в студии, чтобы компилировался сразу один hex с прошивкой и загрузчиком.
Где-то в интернете видел такое решение, но сей час не могу найти.

Варианты скомпилировать два файла, а потом их объединить в один не устраивает ввиду динамичности обновления основной прошивки, запускать сторонние макросы для автоматического объединения тоже не хочется.

Если Вы пишите на ассемблере, то тогда директива .ORG.

Если на Си. То наверное лучше всего сделать следующим образом. В свойствах проекта находите линковщик. В линковщике создаете новый сегмент. Например .bootmem=0xXXXX. Где 0xXXXX адрес расположения загрузчика в словах.
Прототип функции загрузчика пишите со следующим атрибутом.

З.Ы. С загрузчиком никогда не работал, но думаю что я Вам правильный совет дал.