Дело в том, что при программировании задействуется еще вывод RESET. Программатор подает на RESET определенные сигналы, которые говорят МК, что сейчас будет программирование.
Конечно, может случится так, что подключенные к выводам МК устройства помешают программированию. Например монитор питания, подключенный к RESET, или выход другой микросхемы, подключенной к входу данных SPI. Но это можно учесть при разработке схемы.


