Значитса такая делема: необходимо измерять ток в цепи заряда-разряда аккумулятора. Имеем в наличии два типа резисторов С5-16МВ (0.1 Ом) и CHIP2512 (0.01 Ом). Как правильно снимать сигнал? правильность подразумевает точность.

Ставить резистор 0,01Ом (если он расчитан на такой ток) включать последовательно и снимать сигнал с его выводов. Про высокую точность тут и речи быть не может.
Если нужна точность, то следует использовать откалиброваные шунты для амперметров.

C поомщью инструментального усилителя который можно собрать из 2 ОУ а лучше из 3.

Какой аккумулятор (напряжение)?
Какой ток хотим измерять?
С какой дискретностью хотим измерять (минимальная дискрета)?
Чем хотим измерять ток? (АЦП? Какой диапазон входного напряжения?)
Какие ограничения по элементной базе (используем то, что под рукой или то что надо)?
Без ответов на эти вопросы сложно что-то советовать.

Кроме того, на мой взгляд, большой точности для задачи измерения тока заряда\разряда аккумулятора не нужно. Важны сопротивление и мощность шунта. Для CHIP2512 (0.01 Ом) P=1Вт, отклонение от номинала 5% или 1%. С5-16МВ (0.1 Ом) P=1 или 3 или 5 Вт, погрешность 5%, 2%, 1%, 0,5%.