такой вопрос: как можно в этой схеме заменить индикаторы с общим катодом на индикаторы с общим анодом?
http://radiokot.ru/circuit/digital/home/20/
И помогите с прошивкой, если ее надо менять
заранее спасибо

в катодах поставить ключи и переделать анодные ключи. Кстати, тогда можно будет использовать большие индикаторы, которым нужно больше, чем 5 вольт.
Про ключи можете почитать соответствующие темы (в поиске наберите "транзисторные ключи" или подобные).

а как именно нужно их переделать?

Транзисторы убрать. Выводы мк, ранее шедшие к базам, подключить непосредственно к анодам. Сигналы к сегментам проинвертированы программно.
Замечания:
ток в сегментах в родной схеме ничем не ограничен. Это не есть гут, если сегменты жрут много. По идее нужно ограничить. Зависит от ваших семисегментников.
поскольку вывод мк держит 40 мА, то соответственно каждый сегмент должен кушать не более 5 мА. В идеале. В реале как хотите.

Ну если вам достаточно 5ма на сегмент, то, действительно, проще поменять прошивку и все индикаторы питать от портов. Если больше, тогда можно говорить. Но в этом случае потребуется 12 или 16 транзисторов. Некоторые такое количество не могут осилить.