Сделал отладочную плату для ATSAM3U4C. Прицепил JTAG отладчик (китайский J-link от SEGGER).
В общем ядро не нашлось, вот что написал:


Выводы МК: TST - не подключил, JTAGSEL в землю, ERASE -не подключил.
Вот часть схемы:


И подключение JTAG разъёма:


Поначалу были подтягивающие резисторы (как на схеме) на выводах JTAGа, отладчик тоже не мог обнаружить ядро. Теперь их отпаял. В чём беда не понимаю...
Возможно, проблема с питанием МК? Выводы VDDCORE подключил к земле, через конденсаторы 100нФ.