ISR(SIG_OVERFLOW1)
{
   if ((PORTB & 0x01)==0)// Если порт B в нулевом разряде имеет 0 то такой код
   {
      PORTB=0x01;   //Если правильно делать то PORTB |=  (1<<0);
   }
   else //либо в противном случае
   {
      PORTB=0x00; //Если правильно делать то PORTB &= ~(1<<0);
   }

}

#define F_CPU 4000000UL
#define DEL 1024
#define FOUT 1 // cek
#define TM  65536 - (F_CPU/DEL)/FOUT
#include <avr/io.h>
#include <avr/iom16.h>
#include <avr/interrupt.h>

ISR(SIG_OVERFLOW1)
{
 PORTB^=0x01;
 TCNT1+=TM;
}
int main(void)
{
DDRB=0x01;// Настраиваем нулевой выход порта B на выход
TCCR1A=0x00;// Т/С1 отключен от вывода ОС1, режим ШИМ отключен
//!
TCCR1B=0x05;//Коэффициент деления частоты системной синхронизации 1024
//!
PORTB=0x00;
TCNT1=TM;//инициализируем значение счетного регистра равным 61630
TIFR=0x00;//Сбрасываем все флаги прерываний от Т/C1
TIMSK=0x04;// Разрешаем прерывание по переполнению счетного регистра Т/С1
GICR=0;//Запрет внешних прерываний
sei();//Общее разрешение прерываний
while(1==1);//Ожидаем прерывание от Т/С1 каждую секунду

TCNT1+=TM;

TCNT1=TM;

так работать будет точнее
Код:
TCNT1=TM;