#include <avr/io.h>
#define F_CPU 1000000UL
#include <avr/eeprom.h>
#include <util/delay.h>
#define EEPROM_SECTION  __attribute__ ((section (".eeprom"))) // для удобства написания/чтения программы

unsigned char ON=1;
unsigned char OFF=0;
unsigned char e=0;
unsigned char CANAL1;

uint8_t Mem1   EEPROM_SECTION=0;

void Memori()
{
eeprom_update_byte(&Mem1,CANAL1);
}

int main(void)
{
DDRD=1;

CANAL1=OFF;

CANAL1=eeprom_read_byte(&Mem1);
while(1)
   {
   _delay_ms(500);
   e=e+1;
   if (e>200)
      {
      Memori();
      e=0;
      }
   if (bit_is_set(PIND,1))
   CANAL1=OFF;
   if (bit_is_set(PIND,2))
   CANAL1=ON;

   if(CANAL1==ON)   PORTD |= _BV(PD0);
   else   PORTD &=~_BV(PD0);
   }
}

#include <avr/io.h>
#define F_CPU 1000000UL
#include <avr/eeprom.h>
#include <util/delay.h>

EEMEM uint8_t Mem1 = 12; // в файл запишется 12 - начальное значение ячейки

#include <avr/eeprom.h>
#define EEPROM_SECTION  __attribute__ ((section (".eeprom")))

uint16_t      eeprom_magic    EEPROM_SECTION  = 0x55AA;   
uint16_t      eeprom_param    EEPROM_SECTION  = 0;      


int main(void)
{
   uint16_t param;


   //load params
   if(eeprom_read_word(&eeprom_magic)==0x55AA)   
   {
      param=eeprom_read_word(&eeprom_param);
   }
   else
   {
   //set default values
      param= 0;
// вот здесь можно сделать эту Вашу запись при первом включении
      eeprom_write_word(&eeprom_magic, 0x55AA); //write the magic number
      eeprom_write_word(&eeprom_param, param); //save parameter

   }

}

EEMEM uint16_t A;
int B;
eeprom_write_word(&A,(uint16_t)B);