Переменный резистор тут не поможет в данный момент. Дело в том, что у тебя снижается частота генерации преобразователя. Из-за этого медленне заряжается конденсатор до рабочего напряжения, необходимого для зажигания лампы, и как следствие, снижается частота разрядов поджига..
Транзистор в преобразователе греется? Возможно насыщение трансформатора. Попробуйте поизменять в небольших пределах сопротивление резистора R1. Критерий подбора - при минимально возможном увеличении тока потребления стробоскопа от БП увеличить скорость зарядки конденсатора С1.
Кстати, трансформатор в преобразователе по прежнему сильно греется?

Ну трансформатор уже меньше греется, так, можно сказать в норме (После трех минут работы спокойно можно трогать)

Я кстати насчет потребления тока хочу добавить. Схема идет для авто, питание 12В, а у меня подается вольт 15-16.....

Чего-то я не понял, R1 надо побольше сопротивление воткнуть, или наоборот меньше?

Проще так. Замените R1 цепочкой последовательно соединенных постоянного резистора 50% от сопротивления R1 и переменного резистора такого же как у R1 сопротивления, включенного реостатом. Я номинала R1 не знаю, поэтому даю в относительных цифрах.
Соответственно в среднем положении ручки переменного резистора получаем исходный номинал R1. Далее, подключите последовательно со стробоскопом амперметр, а параллельно C1 вольтметр, желательно стрелочный. И ручкой переменного резистора поизменяйте понемногу его сопротивление в обе стороны от середины, следя при этом за потребляемым током и величиной напряжения на С1.
Опять же я не в курсе что там за импульсная лампа и при каком напряжении происходит разряд и вспышка. Но у вас есть один жесткий критерий, напряжение на конденсаторе не может быть выше его номинала, указанного на корпусе конденсатора.
Далее пронаблюдайте при каком напряжении происходит вспышка, ну и отметьте ток потребления. Далее вращением резистора пытаемся ускорить заряд конденсатора. Идеал, когда после вспышки напряжение на конденсаторе будет быстро восстанавливаться. Потребляемый ток не должен увеличится более чем на 20-30%. Чем меньше, тем лучше.
15В нормально, лишь бы больше не было. Насколько я понял, данная схема позиционируется как автомобильная. А в бортовой сети напряжение на аккумуляторе может менятся от 10,5 до 14,5В запросто.

И еще, в заключение. Не пытайтесь выжать с этой схемы очень частых вспышек. Так она долго не проработает.

И все-таки, я чего-то под рукой ниче не нашел, пойду в радиодетали. Скажи по точнее, какие резисторы ставить - сопротивление R1 - 24кОм....

Ну соответственно постоянный резистор 10-12кОм, переменный 20-30кОм.
вместо переменного можно подстроечник поставить, для подстройки может и поудобней будет

Мне кажется, корректнее будет "вставить" регулировку в делитель R5-R6. (R5 = 330k+100k(подстр.))

Еее и вставили бы туда , если бы не одно но. Читайте выше. На мой вопрос ка быстро заряжается С1 был получен ответ , что по прошествии времени скорость вспышек уменьшается, и конденсатор долше заряжается. А это уж, извините, преобразователь виноват. И начинать надо с него