Здравствуйте!

Есть девайс на базе Arduino Uno.
Напряжение питания 6,5 В (такое требуется для серво, поэтому вся схема записана этим напряжением, схема работает верно).

Питание Ардуино выполняется по разъёму Jack.
Так же есть Ноут, питание которого осуществляется от его штатных аккумуляторов.

Вопрос в следующем.
Безопасно ли будет подключение Ноута (usb порт) к Ардуино (usb порт)?
Или за счёт разности напряжений потечёт всевыжигающий ток?)

Подключиться ноутом потребовалось для отладки.

Если сомневаешься, то отключи плюс от юсб

Все зависит от схемотехники платки UNO.
А эта конкретика "за гранью реального доступа" (как и конкретика схемотехники самого Вашего устройства).
Как вариант применение внешнего USB хаба - правда не факт, что выжгет только его.
Вариант 2 - привести прожку к примитиву без внешних библиотек и прогнать на симуляторе.
Вот таком:
https://www.sites.google.com/site/unoardusim/
последняя версия 2.9.1
Там и типовые внешние узлы симулируются. Единственно смотрим руководство относительно применяемых в тестируемом скотче библиотек.

Замерил напряжение на крайних контактах usb. Для ноута это получилось 5.02 В, для Ардуино 4.98 В. В целом выходит, что разность напряжений не большая и включаться вроде как не страшно.

А Ардуино может послать кратковременное перенапряжение на свой usb?

Смотрел электрическую схему Ардуино, обратного защитного диода, как на входе питания jack, на usb не поставлено

в ардохе НА ПЛАДЕ долженн стоятиь стабилизатор который с jack идет и понижает до 5 или 3в3
при питани от usb идет напрямую или вы сам МК 6.5В запитали???? тогда ОЙ и за жизнь железок никто не поручится!!!!

Добавлено after 5 minutes 40 seconds:
если боитесь уравнивающих токоф по 5в порта разре3те в кабеле красный провот
-Какой резать ???
-Реж красный не ошибешся !!!
-А еслили ошибешся
-Не ссы сынок сапер ощибается толка 1раз за всю жизнь!(c)

На ардуино уно стоит линейный стабилизатор на 5В. Что включается в JACK или к пину RAW - уходит на линейный стаб. Что подключается к Vcc электрически соединено напрямую с 5Vusb, как и земли. Перекос в 40 мВ не страшен для USB, да и для стаба тоже в общем-то не должен.

Там есть и прямая подача +5 вольт (за стабилизатором).
А для USB или примитив-диод или наворот на рассыпухе - зависит от производителя и микросхемки, что в качестве мостика используется (ATmega16U2, СН340 или еще чего)...