Пролечить 2 ATmega328P-AU доктором, отправка письмом 1 оставляете себе. Прошивка на них записывается, но фьюзы не меняются.

два этих МК стоят меньше пересылки туда-обратно...

Набор фузов меняется или из "сторонней софт-оболочки" и соответствующего программатора или железко делаем ардуиноISP программатор
(смотри: "файл - примеры - 11. ArduinoISP - ArduinoISP")
и прошиваем из IDE через этот ардуиноISP программатор:
"инструменты - записать загрузчик"
эта вкладка записывает и комплект фузов согласно требуемого для выбранной платформы.
"Доктор" требуется только при абсолютной блокировке прошивки.

У меня usbasp, с такой проблемой не сталкивался. Фьюзы на стандартные не сбрасываются, аврдуд вылетает

И общее стирание не помогает?
Сначала на "стороннем" сделать стирание кристалла, а затем там же прошить фузы по ранее снятым с рабоьоспособного

В принципе внешний софт для нанки можно попробовать AVRDUDESS-2.17 и/или avrdudeprog33...
А в качестве ардуиноISP обычная нанка вполне удобна для изготовления.
Хотя...
Разве что кто-то ранее эти платки самостоятельно с помощью "стороннего софта" заблокировал (LB0 и LB1 равны 0) - сама ардуиноIDE на такое не способна.
Однако при LB0=LB1=0 ни флеш ни EEPROM прошиваться не должны.
("...Дальнейшее программирование и проверка Flash и EEPROM в Режиме
параллельного и последовательного программирования. Биты Boot Lock и бит
Fuse блокированы в режиме последовательного и параллельного
программирования."...)
Вот как то так...

Проблема решена