Не знаю как там в AVR, а в других микроконтроллерах выключение внутреннего осциллятора при наличии внешнего имеет главным образом цель высвободить одну ногу и снизить потребление. С включенным от внешнего источника тактовых импульсов будет работать точно так же как с выключенным. Но, ежели как у ТС внешний генератор с амплитудой выходного сигнала значительно меньшим чем нормальные уровни сигналов МК при определенном питании, тогда внутренний осциллятор должен быть включен по любому, пусть выполняет функции усилителя и формирователя тактовых импульсов.

МК AVR можно тактировать от внешнего источника. Когда начинал, не смог правильно настроить на кварц. Сделал схему на логике и кварце. Работало, потом разобрался с фьюзами.
Чтобы AVR работал от внешнего источника, нужно фьюзами выставить external clock или generator. Не помню точно. Компьютер далеко, лень вставать.

По здравому смыслу - настройка осцилляторных цепей МК для кварца должна иметь хорошее усиление и аналоговый режим. Иначе кварц может не запуститься. Поэтому выбирайте режим именно с кварцем, а сигнал подавайте через конденсатор. И никаких резисторов. Там в МК внутри он уже есть.

Прошло почти пол-года
Может кому-то информация пригодится
Вот что написапно в даташит для микроконтроллеров LPC

In slave mode the input clock signal should be coupled by means of a capacitor of 100 pF
(Cg in Figure 17, drawing a), with an amplitude of at least 200 mV(RMS). The XTAL2 pin
in this configuration can be left not connected

И схема...

То же самое, что и в предыдущий раз, но немного подробнее из другого описания. Четко указан диапазон 200..1000 милливольт (RMS).

Crystal oscillator XTAL input and component selection
The input voltage to the on-chip oscillators is limited to 1.8 V. If the oscillator is driven by a clock in slave mode, it is recommended that the input be coupled through a capacitor with Ci = 100 pF. To limit the input voltage to the specified range, choose an additional capacitor to ground Cg which attenuates the input voltage by a factor Ci / (Ci + Cg). In slave mode, a minimum of 200 mV (RMS) is needed. In slave mode the input clock signal should be coupled by means of a capacitor of 100 pF (Figure 20), with an amplitude between 200 mV (RMS) and 1000 mV (RMS). This corresponds to a square wave signal with a signal swing of between 280 mV and 1.4 V. The XTAL2 pin in this configuration can be left unconnected.