Диод в принципе поставить навесным монтажем не проблема. Есть еще вопрос: в целях сохранения работоспособности материнки, если я правильно понял, что при внутрисхемном программировании этим программатором, при запитывании схемы от внешнего стабилизатора на 7805 микросхеме, наверное лучше не подключать пин +5 в. идущий с программатора ? В смысле одновременную подачу питания с юсби порта и с внешнего стабилизатора лучше не делать ? Вдруг в схеме будет запитана от +5 в. помимо цифровой части нагрузка с током потребления большим чем допустимо от порта USB, в общем как ведет себя материнка при превышении тока или замыкании, есть ли вообще на такой случай какая-то защита на материнке ?

на материнке должна быть защита USB, у меня во всяком случае есть, ничего не сгорело, когда подключил кетайское устройство, где + был закорочен на землю.