Добрый день!
Думаю разработать плату с плис Cyclone IV. Только пока не совсем разобрался с конфигурацией и загрузкой из флэш памяти.
Нужно что бы проект загружался и стартовал из флэшки, а плата с флэшкой прошивалась программатором Altera USB Blaster.
Может кто подскажет типичную схему подключения в таком режиме?
Вот этаподойдёт? Но там получается 2 разъёма для подключения, одни не распаян.
Требуется для такого вариант писать какой-то дополнительный боотлоадер?

Поищите у терасика схемы плат на базе циклона 3 (DE1 или DE0 вроде). Там есть флеш память.
Тема прям под вас

Дотошно не рассматривал, но беглый осмотр говорит - подойдет.
Поясню на счет 2х разъемов:
тот который JTAG - через него можно прошить исключительно плис, не флешь. кроме того с его помощью можно проводить отладку софта на встроенном ниосе.
второй предназначен для прошивки именно флешки.

FPGAlover
Флешку можно прошить через JTAG ПЛИСины с помощью USB blaster.
Для этого в Квартусе нужно конвертнуть файл прошивки sof в файл JTAG Indirect config file (jic).
Потом создать programming файл и добавить jic для прошивки.
Суть метода заключается в том, что программатор сначала заливает в ПЛИСину специальную прошивку, которая
дает программатору доступ к флешке через саму ПЛИСину. А потом уже прошивает флешку.
Я в своих проектах на Циклонах так и делаю. Оставляю только один разъем (JTAG).
С jic прошивкой нужды в дополнительном разъеме Active Serial нет. Все равно во время отладки
дешевле заливать конфиг сразу в память FPGA, а флешку прошивать только окончательным релизом.
Ну, недостаток тут тоже есть. Сложно будет налаживать моменты старта при подаче питания и не будет
возможности заменить прошивку на флешке во время работы устройства. Но это уже отдельная фича, которая не во всех проектах нужна.

Я сделал свою макетную плату с Cyclone IV EP4CE6. Прошиваю конфигурацию в ПЛИС без проблем. Все работает. Далее конвертирую файл .sof в файл .jic. Зашиваю прошивку во флешку 25P16 без проблем. Далее рестартую ПЛИС и загрузка в ОЗУ ПЛИС не происходит. Пробовал менять конфигурацию с помощью пинов MSEL. Пока безрезультатно. Питание на ПЛИС подается через 3 различных стабилизатора 1117 на 3.3, 2.5, и 1.2 вольт. Входы всех стабилизаторов подключены к питанию 5 вольт. Входы MSEL0 - 2.5v, MSEL1 - GND, MSEL2 - 2.5v.
Подскажите где искать проблему ?

Свой вопрос снимаю, так как сам виноват. Нашел ошибки у себя в плате. Буду переделывать.