Добрый день.
Нашел проект генератора DDS на плис https://habrahabr.ru/post/260999/
но у меня плата сyclon 2 а точнее EP2C8Q208C8N.
Подскажите как можно переделать проект под мою плис?

Если все остальное без изменений - берете квартус не старше 12, и весь проект (главное чтобы были все файлы с расширением *.v или *.vhd) запускаете на компиляцию назначив нужную плис. Переназначаете выводы, еще раз компилируете и заливаете в целевой кристалл. После этого проверяете и при удовлетворении - наслаждаетесь работой устройства.

А если Quartus выдает такие ошибки это что значит? что мне надо переделать чтобы программа заработала.

Вы шину с тремя проводами хотите подключить к шине с пятью. Смотрите указанный элемент.