Питаю 5В, VCCIO у нее нет, так как 44 ноги, High level всего 3,3 - 3,5В Это для нее нормально? Хочется что бы High level был около 5В, подтягивать резисторами или это какой то косяк?

Это нормально. Если нужно 5 В, то подключите подтягивающий резистор.

Спасибо, буду лепить подтяжки

А для чего Вам именно 5 В?

Часть микросхемы задействована под двоичный четырехбитный счетчик к выводам которого подключены четыре резистора которые преобразуют двоичный код в напряжение( простейший цап) в связи с тем что высокая точность не нужна было решено остановится на 4 резисторах, но предпологалось что выводы плис будут давать хотябы по 4,2В. не хотелось усложнять схему и впаивать цап, да и не знаю я паралельного четырехбитного цапа. Можно конечно буфер влепить, но опять усложнение схемы, Можно конечно и не на плисе ваять это все, но хочется познать плис , тем более что валяются давно на полке.

Для такого применения подтягивающие разисторы - не очень хорошее решение, будут вносить погрешность ЦАП. Ну или выбирать их намного меньшими по сравнению с резисторами ЦАП. Вообще, при питании 3.3 В у этой ПЛИС выходные уровни будут более стабильными и практически равными напряжению питания.

Почему так? А в корпусах где есть VCCIO тоже так или нет? При питании 3.3 она у меня не шьется, это из за того что напрямую к LPT без буферов?

С VCCIO то же самое. Это у них такая схемотехника выходных буферов. Вообще, все ответы есть в datasheet.
Для прошивки лучше собрать ByteBlasterMV.