Как Контроллер и Материнская плата "общаются", можно ли так например заставить общаться простые микроконтроллеры типа ESP32 в тырнете по этому информации мало.
"Простые" - сомневаюсь, а вот те, которые имеют соответствующий периферийный блок (PCI-E) - запросто. И информации - полно. Надо только не лениться искать.
Где вообще об этом можно почитать?
Почитать можно там же, где и всегда: в даташитах и прочих мануалах по соответствующим контроллерам. Например XA7Z020 (Zynq-7000) имеет блок PCI-E. Качайте даташит / reference manual и читайте на здоровье.
Добавлено after 1 minute 37 seconds:Даже попадались с обвязкой с "золотыми" микросхемами и млт резисторами.
Золото выкусить, выплавить, продать, а на вырученные барыши купить EVB на XA7Z020. И всласть натешиться с PCI-E!  
