Вы тут пытаетесь сравнивать несравнимые вещи. Если говорить о SOPC - процессорах на программируемой логике, то ПЛИС, на которых их можно реализовать при сравнимом объеме внутреннего ОЗУ будут стоить несколько дороже. В любом случае нужно смотреть по конкретной задаче. Иногда правильнее применить связку ПЛИС + внешний процессор, иногда есть смысл применить встроенный процессор (например NIOS), но использовать ПЛИС вместо микроконтроллера в проектах, где ПЛИС не нужна - это глупо. Учитывать нужно все - полную стоимость проекта, с учетом периферии, размеры печатной платы, энергопотребление.
Допустим есть некоторый проект, который можно реализовать на МК без применеия ПЛИС. Так вот замена МК на ПЛИС в данном случае приведет к удорожанию проекта. Другое дело, если нужно реализовать проект, где без ПЛИС никак. Например сложная периферия, DSP или еще что-либо, где ПЛИС "на коне". И так же нужно применить процессор для управления. Тут уже 2 варианта: встроенный процессор или внешний. А решать нужно, как я писал выше в каждом конкретном случае.
PS: тема холиварная

Я хочу подчеркнуть, что во всем нужен здравый смысл.
PPS: Altera начала в этом году производство
ПЛИС с встроенным аппаратным ядром ARM. Стоимость камешков
немаленькая + еще стоимость минимум 8-слойной платы, но возможности
