Там, как понимаю энкодер еще и цифровой сигнал направления выдавал. В моем случае стоят простейшие прерыватели на одном входе счетчика. Цифровые энкодеры несколько тыс. стоят и не надо со счетчиком мудрить.

Обычный энкодер. Сигнал направления формируется по состоянию входных линий (так сказать "сопутствующий продукт" помимо счетного импульса).
Для простого счета импульсов достаточно иметь обыкновенный оптический или магнитный датчик (оптика с "пропеллером" или магнитный с "зубами шестеренки"на валу двигателя).
Да и что за скорость то у движка, что прерывания для подсчета оборотов требуется?
Это при частоте МК в 16 МГц и времени выполнения одноцикловой команды в 0,0000000625 секунды...
Похоже с задачей и реализацией черезмерно перемудрилось.

Задача не в простом подсчете импульсов.
Это установка с ЧПУ по сварке пленочных оболочек аэростатов большого объема. Там несколько технологических операций и последовательно и одновременно выполняемых в режиме реального времени. Вопрос в теме касался системы слежения за образцовой траекторией сварочного ролика путем сравнения значений с записанными ранее в массив значениями счетчика на этой образцовой траектории. Естественно в определенные моменты времени через 200 мСек. То есть, чтобы ролик не заезжал на предыдущий готовый шов. Одновременно нужно температуру и силу прижатия к полотну корректировать.
Так да ясно, что можно организовать эту систему на внутреннем счетчике МП, а плату со счетчиком на 155ТМ2 убирать. Спасибо за ответ.

Не хватает Си - переходим на ассемблер и вполне себе можно вписаться в желаемые "условия".
Да и никто не заставляет делать все на единственном МК.
Для каждой задачи отдельного "решалу" и отдельно голову для "общего руководства" (это если не свой диспетчер задач мудрить с ОСРВ).

Не хватает времени. Это прототип пока в полуавтоматическом режиме. Приезжайте помогите! Жилье, питание...

Не смешите (насчет "приезжайте").
Я в Донецке (ДНР) обитаю (тут таки порой постреливают).
Максимум - дистанционные консультации при полной схеме, описании задачи, фото макета и наличии у меня аналогичной тестовой базы (плюс если там чего мне самому интересно будет с точки зрения технических решений). Разве что в пределах Донецка можно как то погляделки сделать.
Стар я и ленив "на слабо/на подъём"

Да спасибо конечно и на этом. Я ж тоже не молод и ленив, а проект довести до ума надо. В Донецк не довезу никак. Размером с комод аппарат 3 метровой длины.

Тогда или неспешно "дистанционка" по вышеуказанным условиям (через личку сайта) или ищем ближайшего местного пионера/студента/кружок юных техников (что быстрее результат даст)