Димон писал(а):...когда перемычка есть, то: Светодиод горит, на базе VT2 0.63v, на коллекторе 0,55v...
То, что на коллекторе VT2, в этом случае, 0,55 вольта, это совершенно неправильно! Там должно быть около нуля - 0,01 - 0,1 вольта. Т.е. получается, что VT2 не полностью открыт. Из-за этого, похоже, частично открыт и VT3, который начинает работать как делитель напряжения, и уменьшает напряжение на выходе микросхемы DA2.
Если замкнуть перемычкой коллектор и эмиттер транзистора VT2, зарядник начинает работать нормально?
Замените от греха подальше VT2. VT2 у Вас КТ503 или какой-то другой? Цоколёвку VT2 не перепутали? R11, R13 и R14 имеют те самые номиналы, которые указаны на схеме? Да и VT3 тоже было бы неплохо проверить.