С серьёзными-да, некуда дется. Но нас это обычно не касается.
А вот атмеги всякие-проще отлаживать на платах. Делаем макет, подключаем программатор-и сидим проверяем режим за режимом, попутно десятки раз перешивая контроллер. Если устройство одно нужно-макет потом тупо отправляется в корпус
Признак увлечённого настоящего электронщика-горы макетов вокруг рабочего места, валяющиеся кучами. В них измеряется духовный путь электронщика.
Кроме того, программирование это такая вещь, где общие подходы работают очень плохо. Пишем программу-создаём свою вселенную, пусть и простую. Что там, где-снаружи не разберёшь. Да и самому потом непросто разобратся. Проще всего писать программу за один подход в несколько часов, чтобы всё в памяти было. Нельзя ответить на ваш общий вопрос про протеус-ибо возможных несоответствий там может быть неогранично много, и не все можно предугадать. Чем больше программа по объёму-тем больше она вещь в себе.
Короче, внимательно читать даташит, понимать что там написано, читать описание к языку, на котором пишем, читать описание к компилятору. Если возникают странности-сформулировать конкретный вопрос и вбить в гугл. Обычно отыскивается. Хотя я наткнулся на невероятную особеность ацп в тини13, неочевидную, про которую нигде ничо не сказано, и не гуглится, а на работу схемы влияет фундаментально. Оказалось что при переключении входа ацп нужно ждать несколько микросекунд перед преобразованием, потому что перед ацп стоит сглаживающий фильтр. В течении этих микросекунд напряжение на самом ацп плавно переходит от напряжения старого входа к напряжению нового. Очевидно, что в этом случае протеус и иже с ним будут работать правильно-а устройство нет. И никто это заранее не предугадает. Вот и думайте какие можно давать советы.