Все сообщение один сплошной поток сознания...
1. У ридера и у карты - РАЗНЫЕ протоколы.
2. Ридер в своем пакете выбирает тип протокола карты, патамушта у карты есть тоже разные протоколы.
3. Ридер в своем пакете делает запрос на требуемые данные из карты.
4. В ответе карты есть стартовый символ. Ридер ожидает стартовый символ и от него запускает таймслот приема.
5. При отсутствии ответа карты через определенный таймаут или по завершении таймслота приема и при необходимости сброса карты ридер выключает накачку на 20 мс и начинает следующий сеанс приема.
А вообще-то есть стандарт ISO14443 (если речь идет о картах ближнего действия) и в нем есть и протокол ридера, и протокол карты.