Ну никого обидеть не хотел, просто:
1. Нет схемы. Разговор априори не конструктивен.
2. Судя по всему вы не особо задумывались над задачей. Кинулись решать "в лоб" - не получилось. Теперь хотите чтобы всё рассказали.
Вот это разговор. Ок, да согласен, схемы полной нет, т.к. все пока на макетках пока. Мой принцип от простого к сложному, поэтому как хотите называйте это, "в лоб" или "по лбу", может кто-то и начинает от сложного к простому, с целью усложнить себе жизнь. Да опыт накладывает свой отпечаток, и будь я более опытен в этих вопросах не спрашивал бы в форуме, а сделал все правильно и не в лоб сразу, не так ли? Вы же тоже со знаниями не родились в голове, а приобретали поэтапно.
Не хочу показаться снобом и занудой, но ваш высокомерный тон заставляет меня делать такие не схемотехнические отступления. Предлагаю больше к этому вопросу не возвращаться и проявлять взаимное уважение
А теперь к делу.
Оригинальная топология развязки такая:

Я добавил конденсаторы 0.1мкФ по входам и выходам, входные резисторы 33К, конденсатор ОУ 100пФ.

Все это идет на Мегу8 и измерительный вольтметр (0-2В) для внешних наблюдений. Что интересно, измерительлный вольтметр показывает более-менее точно, т.е. у него показания не пляшут.
Есть ИОН для АЦП. Все измерения (аналогового сигнала) происходят относительно него. Во избежание помех обычно разделяют эту ветку питания от остального. Т.е. получается аналоговая земля.
Дык на макетке это не осуществимо... Знаю что точные измерения не делаются на макетке, но точность в 5-10% это не ахти что.
Это ведь прописные истины. Начнём с того, что погрешность АЦП у меги +-2МЗР. Т.е. при самом лучшем раскладе будут скачки, которые надо будет устранять усреднением.
Далее. У вас импульсный БП. Один раз АЦП оцифровал пик, другой раз - минимум. Вас интересует среднее значение... Дальше продолжать?
Дык вы про усреднение измерений, тогда понятно. Это програмно сделаю.