Если все 3 порта МК ATmega8 запрограмировать на вход/выход

[djrec]

возможено ли будет после этого перепрограмировать через ISP ?

[igor-x]

повторное программирование возможно будет , если только не отключать вывод RST. это делается через соответствующую установку fuse bit

[SmarTrunk]

Ну да, поскольку программирование по ISP вроде начинается с подтяжки RST на землю, и потом там еще что-то делается по этой линии.

[Kavka]

возможено ли будет после этого перепрограмировать через ISP ?

Если остаются включенными SPI и RESET (соответствующими фьюзами), то после того, как контроллер "затянули" в сброс, все выводы переводятся в высокоомное состояние даже при отсутствия тактирования. Для atmega16, например, это написано в пункте 2.2 Pin Descriptions.
Чтобы активировать режим программирования по SPI, соответственно включить сигнал МК MISO на выход, надо по SPI подать команду "разрешения программирования". Для того же МК это написано в пункте 26.8 Serial Downloading.