"Согласно ГОСТ 13109-97, частота должна находиться в пределах 50±0,2 Гц не менее 95% времени суток, не выходя за предельно допустимые 50±0,4 Гц. "
http://so-ups.ru/?id=ees_freq
Что вас смущает? Даже если частота уйдёт на 0,4Гц, то это всего лишь 0,8%. Погрешность измерения от ухода частоты - это мелочи жизни по сравнению с реализацией определения перехода через ноль (особенно по токовому каналу, где форма напряжения порой ооооочень отличается от синуса). Пусть вы поставите фильтр высших гармоник в аналоговой части, но это во-первых сдвинет фазу (причем непредсказуемым образом, учитывая ваши капризы по отношению к стабильности сетевой частоты), а во-вторых исчезнет часть информации о потребляемой мощности. В результате вы только раздуете аппаратную часть и погрешность. Применять какую-то программную супер-пупер обработку вроде БПФ для этой задачи неоправданно, да и проблематично (во всяком случае на дешевых и доступных МК).
Поэтому лучше будет всё-таки принять 50Гц за константу
Вот если бы разрабатывался какой-нибудь фазовый регулятор, тогда от определения перехода через ноль никуда не деться
Благо там как правило определяется переход через ноль по напряжению, а оно всё-таки ближе к синусу, чем ток в общем случае.
), а потом измерение мощности?
Оказывается в цепи несинусоидального тока вообще нельзя определить реактивную мощность исходя из полной и активной 
Пишут что это сумма реактивных мощностей отдельных гармоник. Это что ж получается, чтобы вычислить реактивную мощность нужно сделать БПФ напряжения и тока, а потом ещё и перемножить отдельные гармоники? Нехилый объём вычислений нарисовывается 