Для 1М мы увидим только 500кГц
Тут Вы ИМХО ошибаетесь. Как я понимаю, Верхняя частота спектра равна 0,5 от частоты дискретизации, а ширина отображаемой полосы спектра равна частному от деления максимальной частоты спектра на количество выборок. Т.е. при 100МГц семплирования и 1М выборок имеем 50 МГц верхнюю частоту и ширину отображаемой полосы 100Гц, т.е можно отфильтровать две компоненты сигнала с разносом частоты 100 Гц
Причем тут Си? Там какой то Верилог используют (принципы совсем не Сишные).
Верилог - язык описания аппаратуры, он определяет "железо". В этом "железе" есть процессор, который и программируется на С. Точно так же как в программировании появились визуальные средства программирования, начиная с Delphi и заканчивая Algoritm Builder'om, так и большинство средств разработки ПЛИС имеют генераторы кода, позволяющие сильно упростить работу. Счетчики, регистры, мультиплексоры, сумматоры и компараторы - все это параметризируемые элементы, из которых, как из кубиков, собирается схема. Сильно сложные схемы типа процессора или контроллера DDR SDRAM в графическом виде не воспринимаются, но схемы средней степени сложности типа Мультископа вполне можно создавать используя готовые модули. Я начинал делать схемы графически и сейчас сложно воспринимаю текстовое описание. У меня есть подозрение, что лет через 15-20 текстовые описания блоков будут глубоко спрятаны в графические оболочки, так как это произошло в секторе операционных систем. Сегодня любая ОС имеет интерфейс командной строки, но сколько людей этим интерфейсом пользуются?
про 1М отсчетов просто промолчим 
