3. Каково назначение конденсатора С3? Как я понимаю, во первых, он должен исключить протекание тока от резистора R4 через обмотку 2, тем самым пуская ток только через базу-эмиттер? Кроме того, он должен служить в качестве реактивного сопротивления при работе генератора, ограничивая ток базы, индуцированный в обмотке 2. Так ли это?
В первую очередь он держит транзистор в закрытом состоянии, определяя время Toff (и, соответственно, частоту генерации). По генерирующей части - это классический блокинг-генератор, рекомендую почитать хороший разбор принципа его работы. Ну и развязывает цепь по постоянному току, без этого тоже никак.
Опять начинают тогда беспокоить вопросы про амплитуду выходного напряжения
Эта схема работает в ключевом режиме, так что о амплитуде беспокоиться незачем.
Простейший. При питании 4.8 В примем (от балды), что амплитуда напряжения первичной обмотки 3 вольта. Умножим на коэффициент трансформации (1800/6=300), получим 900 вольт. Судя по описанию, там 700 В, почти угадал.
К флайбэкам этот расчет неприменим. Так что обмотки вполне могут быть и перепутаны.
Короче, советую транзистор ключом от внешнего генератора, даже настаиваю.
С этим свои проблемы. Данная схема, как бы просто она ни выглядела, автоматически регулируется по току ключа и дросселя (собственно, это связано с циклом работы - транзистор приоткрывается через R4, положительная связь через трансформтор отпирает его до упора, ток через транс начинает линейно расти, пока не достигнет тока насыщения сердечника, как только транс насытится - транзистор закроется и будет закрыт напряжением на С3 до тех пор, пока он не разрядится) - получается так называемый current-mode PWM.
С внешним генератором это сложнее. Придется посчитать, чтобы не вылететь в насыщение. Или же ставить контроллер, работающий во все том же токовом ШИМ (например, UC384x). Выигрыш это даст, в основном, в КПД (и несколько проще посчитать схему и заставить ее нормально работать).
Эт да, но тогда возникает следующий вопрос - чем ограничивается напряжение самоиндукции. А ограничиваться оно, в меру моего понимания, должно снаббером. Которого тут нет, потому что схема до предела упрощенная...
Нагрузкой оно ограничивается, потому как во вторичке эта самая ЭДС самоиндукции и возникает. И уже из вторички она трансформируется в первичку - это называется отраженным напряжением. Снаббер нужен совсем для другого - срезать ЭДС самоиндукции, возникающую на индуктивности рассеяния. В данном случае выброс с индуктивности рассеяния режется паразитными параметрами схемы. Благо транзистор на 100В - хватит и на питание, и на отраженное, и на выброс.
А вообще, флайбэк способен выдать на выход сколь угодно большое (в теории) напряжение. Именно поэтому всегда стоит тот или иной ограничитель. В данном случае - разрядник во вторичке, который быстро расходует всю накопившуюся в С4 энергию, как только напряжение на выходе достигнет напряжения пробоя. В более нормальных источниках - та или иная ОС по напряжению.
Видимо, модераторы чудеса творят... 
