Цель: изучить микроэлектронику на готовых шилдах, по окончании - развести и спаять плату без использования шилдов
Ну тогда не на Ардуино надо целиться а на микроконтроллер. Ардуино для обкатки идеи и отладки, а готовое устройство - MK, к которому уже и цеплять все остальное. Да и библиотеки готовые использовать поменьше, иначе так и останется непонятно как же все это работает. И писать не на С, а на ассемблере. Но это все сугубо мое имхо.
3. Разбираюсь с сервисной книгой по машине, но может вы подскажете - "+" тащить от аккума или искать нужный под рулем?
Конечно под рулем. Они защищены предохранителями, к тому же не нужно ломать голову как протянуть их в салон.
Только нужно хорошую защиту от помех делать, особенно от высоковольтных импульсных, народ жалуется, что иногда даже прошивка слетает из-за этого.
4. "Измерение напряжения аккумулятора" - можно будет измерить с проводов из машины или нужно обязательно к "+" и "-" аккума цепляться?
Это вообще интересная тема. Дело в том, что без нагрузки на аккумуляторе практически ничего не падает. По хорошему измерять надо на тестовой нагрузке, ампер 10 хотя бы подключать. А это и силовая электроника и повышенный разряд. Хотя, если тестировать раз в несколько часов при выключенном двигателе, может что и получится. В этом случае лучше на сами клеммы навесить, что бы падение напряжения в проводах не сказывалось. Например, по запросу от головного MK, маленький MK на несколько миллисекунд подключает шунт, проверяет напряжение на нем и отправляет результат головному MK по той-же 1wire, раз уж работа с ней уже реализована.
Вообще промышленные сиги это умеют, надо бы поискать как они это делают.
6. Не совсем разобрался с "подтягивающими резисторами" - где их сейчас не хватает?
Сейчас нигде - нужна готовая схема, а не блок схема, на ней они расставляются.
Вообще они нужны везде, где выход может быть в высокоомном состоянии, а вход логический. То есть бывают элементы, которые "отпускают" выход при 1 и "подсаживают" на землю по нулю или наоборот. Вот там нужны подтягивающие резисторы, чтобы "отпущенный" сигнал подтянуть к тому уровню, который от него ожидает тот вход, на который приходит такой сигнал.
Как пример, та же 1-Wire.
7. В пассивном режиме ожидания - мне не нужны кнопки, lcd и relay modules. Как то можно через транзистор будет сделать: пока они не нужны - не подавать питание, а как нужны будут открыть транзистор - и начать с ними работать?
Ну так какая проблема подключить не к питанию а к свободному выходу какого нибудь порта? Нужно опросить - включил пин в 1 и опросил. Закончил опрос - выставил пин в 0 или отключил от вывода вообще и не тратишь энергию. И доп. оборудование так же подключать (через транзистор естественно).
И вообще, для минимизации потребления все отключать, все приборы, процессор в SLEEP загонять. Выбрать что выгоднее - неглубокая спячка с просыпанием по внутреннему таймеру или глубокий сон с пробуждением от внешнего будильника (те же часы, наверняка имеют такой проводочек, просто каждый раз перед сном придется их перепрограммировать).
Тот же GSM, его ведь не надо постоянно включенным держать? В маячках с автономным питанием раз в сутки он включается. Ну в этой системе раз в 2-3 минуты для удобства можно включить, принять SMSки и выключить.
ЗЫ А вообще, может все таки с зажигалочки светодиодов начать?

Не, серьезно, очень сложная задача для начинающего. Программирование MK это все таки не Pyton, кое в чем опыт программирования, конечно, поможет, но все таки тут важнее умение программрования на низком уровне, питон же это чуть ли не предел высокоуровневого скриптописания...
Когда я был маленьким, на спектруме существовало понятие "барьер машинного кода", это психологическая сложность перехода с бейсика на ассемблер. Совсем другая парадигма, думать надо совсем по другому. Вот Вам сейчас надо будет и барьер этот преодолевать, и в схемотехнике разбираться, и передачи данных между модулями отлаживать, причем зачастую IDE вам не поможет... Хоть с МК поначалу уверенно освойтесь... Повторюсь, это все сугубо мое имхо.