не знаю как CAVR, но AVRStudio и Proteus совместимы на 100%. В студии при отладке появляется окно протеуса, и когда отлаживаете прогу можете наблюдать в окне за происходящими действиями в схеме, в нужный момент остановив программу. Очень удобно.
AVRStudio 4 поддерживает C и ASM - пишите к чему душа ближе
Человек умный - объяснит
Глупый - будет разбрасываться умными словами.
Жмякаете даблкликом на микроконтроллер и в строке Program File выбираете ваш скомпилированный проект в CodeVision с расширением .cof, далее жмете step в симуляторе.
Да я вообще имел в виду прикрутить сам компилятор в протеус, но не нашел версии с коммандной строкой. На другой коприлятор перелезать пока не хочется...