Хуже не будет. Ну если не считать обязательного наличия аналогового питания при наличии цифрового.
И как Вы собрались отлаживать с раздельным питанием?
Если говорить о точности, то опорное напряжение АЦП - это не аналоговое питание МК (если только такой режим не выбран). А точность будет зависеть практически только от опорного напряжения.
Что касается помех, то стабилизатор не способен отслеживать подобные помехи. Проку от него никакого не будет. По любому нужен фильтр.
PS В догон. Лоудроп стабилизаторы имеют склонность к самовозбуждению при слишком большой емкости нагрузки. Даташит Холтека кагбэ намекаэ на номинальную блокировку по выходу своих стабилизаторов 10 мкФ. По входу можно делать все что угодно....
Ну и скрин из референсного мануала на F1 с выделением красным обсуждаемого здесь вопроса:
Под блок-схемой примечание:
1. VDDA and VSSA must be connected to VDD and VSS, respectively.




