Они и работают в противофазе: TL494 в однотактном режиме (на pin13 низкий уровень), её выходные транзисторы открываются-закрываются одновременно, а один из них открывает свой мосфет, другой закрывает. На высокой частоте схема не работает по другой причине: индуктивность якоря, L/R, переходные процессы.
Нет ничего практичнее хорошей теории
Упустил этот момент. 
