BOB51, во первых хочу поблагодарить за то, что помогаете. Спасибо!

А то в одно лицо грызть науку что то совсем не вискас...
А во вторых выяснилось пару неприятных моментов:
[uquote="BOB51",url="/forum/viewtopic.php?p=3806884#p3806884"]А у Вас в окошке они активированы (стоят "галки")...
В "заводском" варианте там должны быть пустые окошки (см. примечание в строчке над полем кнопок окна чтения фузов)..[/uquote]
Это я их пытался поставить и думал что поставил, дабы повторить 1:1, как у автора. Мне нужно один раз правильно залить и забыть про это дело. Будет там защита или не будет мне не особо важно, делаю для себя да и исходников все равно нет, поэтому дальнейшие издевательства с этим гаджетом не предвидятся. В общем на скрине они стоят, а по факту оказывается их нет, не прошились. Если перезагрузить Пони и заново прочитать фьюзы, то фьюзы сохранились, как я выставил, а локов нет, ни одного. Хотя до перезагрузки программы они есть... В смысле отображаются.
Тоже самое касается и данных в EEPROM. Открываю файл 2 кб, прошиваю, процес проходит удачно (автоматическая верификация + еще раз ручная), для уверенности считываю и сохраняю под другим именем, сверяю в хекс редакторе и по хешу - все отлично! Перезапускаю Пони, еще раз читаю EEPROM, а там FF FF FF FF...

Питание не отключал, просто перезапустил программу, куда оно делось и почему - х.з... С флеш данными норма, залетели с первого раза и сидят на месте. Как ни крути никуда не деваются.
Еще обратил внимание, что дамп флеши с атмеги почему то получается не 64 кб, а 66 кб т.е. ровно на 2 кб больше, чем может в нее влезть. Ладно думаю, раз такое дело может для Пони нужно склеить Flash + EEPROM и так прошить? Склеил, добавил данные EEPROM с адреса 0х10000h получилось ровно 66 кб, как и дамп. Прошил... Пони проглотил и не поперхнулся, проверил и ни на что не ругнулся. Причем проверка проходит в 2 этапа, как буд то проверяет обе памяти. Читаю EEPROM - пусто, Flash на месте, локов нет, мой чудо гаджет естественно не работает.
С 8-ми ногими атиньками было как то попроще...

А с этой многоножкой походу прийдется подолбаться. Плюс ко всему еще не совсем знаю, как на Пони правильно все делать и какие есть нюансы. Приходится методом научного тыка. Может надо на атмеге Program Enable (1-ый pin) притянуть к чему то? По ДШ сигнал инверсный, подтяжка на + пит внутри проца, пробовал садить на землю во время прошивки - разницы не заметил, результат одинаков, флеш шьет, все стирает при любом лог. уровне PEN. Если что подскажите - буду благодарен...
P.S. С EEPROM разобрался... Оказывается это особенности программы, после перезапуска надо смотреть в самом конце прочитанного, с адреса 0х10000h, а не с 0х00000h. Метод склейки судя по всему тоже рабочий. Прошил по отдельности оба файла - всё на месте. Осталось выяснить почему не работает устройство и разобраться с локами...

Заводские фьюзы чистой Atmega64A были такие, может кому то пригодится... Самое простое подключение AVR к Ponyprog
смотрите тут.