DS1307 это набор счетчиков со специальными схемами дешифрации по константам максимального пересчета интервалов времени и календаря плюс некоторое количество ячеек обычного статического ОЗУ.
Счетчики допускают как чтение так и запись в любой момент времени. ну и какая - то схема генерации и управления всей начинкой (цифровой автомат).
Весьма удобна как (сверх)оперативное энергонезависимое ОЗУ (нет задержек при записи/стирании).
В любом МК для сохранения данных программы используется ОЗУ - оперативная память. Частный случай -набор основных регистров. Раньше было явно выраженное в микропроцессорах, на сегодня эти регистры совмещены с пространством ОЗУ (как пример те же АВРки)..
В случае редкоменяемых констант можно использовать ЕЕПРОМ или прямое хранение в ПЗУ (к примеру данные таблиц перекодировок).
В нашей схеме во время записи новых значений (часов-минут) что для основных часов, что для уставки будильника данны сохраняются как в регистрах мк, так и в регистрах RTC (практически одновременно и там и там).
Т.е. запись идет и в соответствующие рабочие регистры счетчиков секунд, минут и часов МК и по I2C в соответствующие ячейки ОЗУ RTC.
При записи текущего времени проводится обнуление счетчиков секунд (нажатие кнопок L+P равноценно запуску счета с 00 секунд).
Для уставки будильника используются только регистры часов и минут (опять же одна пара в МК и другая в RTC).
Но все это и в исходнике почитать можно более детально - текст проекта открытый.
Номинал я взял с моей макетной платки - а ей...лет побольше десятка похоже уже будет. Скорее перестраховка, там и 220-270 микрофарад должно хватить. И то - длина "хвоста" может быть 10-15 сантиметров для возможности применения в составе "макетных кубиков".
А вот разводка на платках кубиков и самих шлейфов довольно навороченная - с учетом как удобства для сигнальных цепей, так и для цепей питания...
