ВитГо писал(а):тогда какие есть минусы ? (чтобы не узнать о них после того как новый проект будет написан на половину)
сложно указать на минусы, если с плюсами других компиляторов не знаком

попробую от противного
WinAVR - это по-настоящему бесплатный компилятор, его не надо ломать. Есть ему альтернативы по этому качеству?
WinAVR - по-настоящему кроссплатформенное средство, то есть этот самый компилятор имеется для всех известных ОС, значит, ваши исходники смогут использовать пользователи Линуха, БСД-ишники или даже яблочники (по поводу последнего - не уверен, что яблочники что-то компилируют: имхо, они все больше рисуют и пишут музыку)
для WinAVR написано море библиотек, есть форумы, на которых отвечают на вопросы не дилетанты, а профессионалы и сами разработчики компилятора, причем оперативно отвечают.
WinAVR достаточно строго соблюдает требования стандартов, о чем я вечно всем надоедаю

это облегчает понимание кода и его переносимость.
WinAVR дает весьма компактный код. IAR дает получше - но см.п.1

WinAVR создает файлы, пригодные для отладки в AVR Studio и Протеусе.
WinAVR не имеет нормальной IDE для разработки - Programmers Notepad я не считаю за серьезное средство, хотя он неплох для первого знакомства. Зато WinAVR отлично взаимодействует с IDE AVR Studio и многими другими, в том числе бесплатными. Лично я пользуюсь Eclipse и очень-очень-очень доволен.
WinAVR поддерживает GNU-ассемблер, возможности которого несоизмеримо выше тех, что имеет встроенный в студию.
WinAVR генерирует листинг, в котором подчас невозможно понять, какой оператор Си на какие команды ассемблера распадается. Но это следствие работы оптимизатора.
WinAVR имеет ряд глюков разной степени "страшности" (во-всяком случае, известных), эти глюки описаны на сайте разработчиков и обсуждаются на форумах. Большая часть из них приводит к неоптимальности кода, некоторые глюки могут дать "опасный" код, т.е. код с ошибками, но в реальности я за два года активной работы ни разу ни с одним опасным глюком не столкнулся. Во всяком случае, ошибки исправляются постепенно, пути их обхода известны.
WinAVR поддерживает С++.
Собственно, пока это все, что вспомнил, сравнить с альтернативами вы сможете и сам и

для меня решающим был самый первый аргумент
ВитГо писал(а):в avr-gcc - можно структуры сохранять в eeprom ?
да, конечно, все что угодно и где угодно
P.S. работа с WinAVR позволяет быстро понять уровень собственных знаний языка Си, как раз потому, что действуя строго по стандарту не прощает ошибок. volatile-переменные - это первые грабли, которые стукают по лбу каждого начинающего работать с WinAVR
