с точки зрения точности - неверно. поскольку пока идет вход в прерывание по переполнению, может произойти (в зависимости от предделителя) изменение значения счетчика, т.е. в нем будет значение больше нуля. Обнуляя счетчик вы удлинняете период переполнения таймера. В вашей задаче думаю не страшно.
Ставим плюсы: )