У меня на этом же порту PCI-LPT
Фьюзы — не всё в порядке. CKSEL для кварца лучше бы D, система запуска будет давать больше тактов на установление генерации. Хотя и так должно работать. Но если фьюз CKDIV8 остался прошит, то при кварце 4 МГц контроллер тактируется частотой 4 MHz / 8 = 500 кГц.
Без ключа -o avreal ведёт себя так, как если бы был ключ -o800khz. Возможно, беда в этом, программатор слишком быстро дёргает ножками и процессор не успевает ответить.
С прошитым CKDIV8 и ключ -o0 не поможет, нужно -o0,8.
avreal 1.25 уже это может, но лучше обновите. avrealshell-у должно быть всё равно.
p.s. Я уже как-то писал, что в схеме по ссылке резистор R3 = 300 Ом — слишком маленький. Это 15 мА с 5 вольт, не всякий адаптер будет устойчиво работать.