не нужно путать компьютер и микроконтроллер
К слову, Ras.PI собрана на SoC, что, по сути, микроконтроллер и есть.
или за 300 рублей то же самое соорудишь на контроллере AVR?
NTP использует UDP, так что можно и на AVR + ENC424J600 + термостатированные часы или GPS PPS по вкусу. А вообще что-то из Cortex-M3 тут самое оно, ибо в таких МК чаще встречается Ethernet MAC/PHY. Можно от ST, можно от Atmel. И да, стоить будет правда рублей триста.
к чему эти стеки и всяческая шелуха?
Чтобы не стрелять из пушки по воробьям. Кстати, для NTP-сервера наличие ОС - скорее минус.
Сделать можно. Но лично мне тупо лень заниматься ненужным мне проектом только чтобы что-то кому-то доказать.

Разница между теорией и практикой на практике гораздо больше, чем в теории.