На мой взгляд сравнение на частоте синуса 100кГц и на меандре 100кГц не очень корректно....
естественно, если измерять в одной и той же схеме, то некорректно.
если измерять меандр и синус одинакового размаха амплитудным детектором - тоже получим разные результаты.
мало того, спектральный состав меандра богат гармониками, уровень которых может превышать даже овновную, а амп. дет-ру это по барабану, он меряет амплитуду, и пилевать он хотел на спектр сигнала

и напоследок, если мы будем измерять емкость кондера по обычной схеме замещения, то при измерении малых емкостей, за счет дифференцирования мы подчеркнем прямоугольнику высокочастотные составляющие, таким образом получим значительное завышение показаний, так как с ростом частоты ХС кондера будет падать, а на синусе такого не произойдет ввиду "монохромности

" сигнала.
Ну и на последок, при измерении в трансформаторных схемах, на прямоугольнике, в виду его многочастотности, можно запросто подцепить какой нить левый резонанс, который внесет свою погрешность. отсюда и разбежность показаний разных форм и способов
делал уже здесь
Это Ваш проэкт, или повторили?
мне просто интересно, как управляется генератор, каким коодом