У меня "старый" программатор от ЭФО.
К нему в свое время делал шлейфик ибо "родной" разъем предназначен для соединения со штырями (без корпуса), а зачастую на платах стоят честные разъемы IDC-10.
Спойлер

Внешним осмотром определить трудно, если есть осциллограф - посмотрите сигналы во время программирования. Если сигналы есть на контактах разъема, то смотрим до самых ножек ПЛИС.
Еще можно сделать так. Зайти в управление программированием и нажать кнопку автоматического детектирования ПЛИС.(рис 2)
Спойлер

Если программатор безуспешно отработает, то возникнет приглашение провести тестирование. Жмем yes. Вываливается рис 3.
Нажав на старт в нижнем окошке получим список ошибок.
Спойлер

Сейчас у меня не подключено ничего, но если найдутся отклики на микросхему, то нарисуется соединения, часть из которых будет перечеркнута красным крестиком - это и есть корень зла. Остается только звонить мультиметром, или, что лучше, смотреть в осциллограф.
Для программирования выбирайте пока файл с расширением sof.
Загружая на вход компьютера "мусор", на выходе получим "мусор^32".
PS. Не работаю с: Proteus, Multisim, EWB, Micro-Cap... не спрашивайте даже