Другой конец кабеля подведен в железный заземленный корпус, в котором находится промышленный измеритель температуры, 3-й провод ВЧ по сути сразу выведен от трехпинового разъема кабеля на другой разъем, к которому подключается ВЧ генератор.
Естественно, только с выключенным генератором измеритель может показывать действительную температуру, стоит его включить - и его показания будут меняться с амплитудой 100-300 градусов.
Можно ли решить это проблему, поставив какой-нибудь фильтр?
Экранировать провода от термопары можно, но не полностью - останутся участки на разъемах и электроде.

