Но почему система САМА стремится сделать разницу входа и выхода близкой к нулю, не понимаю?
Потому, что так устроен наш мир.
Ваш вопрос сродни вопросу "почему камень падает на землю".

Да, мы напридумывали всяких ускорений свободного падения и прочего, но это не отвечает на фундаментальный вопрос, почему камень именно падает, а не улетает вверх и зависает на какой-то высоте, например. Просто так устроена наша вселенная.
Если отойти от философии, то на пальцах можно представить, что вычитающий узел на входе вычитает весь тот вклад, что наусиливал усилитель, потому что вычитается непосредственно то, что есть на выходе усилителя. Соответственно, остается только то, что пришло - усиление равно единице.
Ну а так, если пользоваться теорией ОС, то
известно, что усиление такой схемы описывается уравнением
Kос=Ku(1 + b*Ku),
где Koc - результирующий коэффициент усиления, Ku - коэффициент усиления усилителя без ОС, b - коэффициент передачи цепи ОС. У вас последний равен единице, соответственно общее усиление - Ku/Ku=1. Что и наблюдаем.
на примере устойчивого равновесия
Собственно, почему шарик стремится в нижнюю точку (к минимуму энергии) - тоже хороший вопрос.

И на него тоже отвечает не физика, а скорее философия. Это фундаментальные свойства, которые просто следуют из опыта и принимаются как аксиомы.
Даже Симулинк сам это знает откуда-то!?
Симулинк ничего не знает.

Он просто решает уравнение, (приближенно) описывающее наш мир, и получает результат, прогнозируемый этим уравнением.
Разница между теорией и практикой на практике гораздо больше, чем в теории.