Обновлять показания 1-2 раза в секунду врядли получится. На этом обновлении (сейчас порядка 120-150 раз в секунду) много чего завязано. Пробовал снизить частоту в 10 раз, получается очень мееедленное обновление, светодиоды в некоторых случаях не успевают мигать. Можно попробовать конечно светики оставить как есть, а обновление циферок сделать раз в секунду. Нужно много чего переделывать в прошивке, чтобы снизить частоту, там много чего зависит друг от друга.
Если есть возможность, отключите +5В от 20й ноги МК и подключите ее через RC делитель (10К и 10-47мкф), должно помочь. По-крайней мере в протеусе у меня получилось симулировать дребезжание разряда именно шумом на AREF (меандр с частотой 50Гц минимальным напряжением 4,95В и максимальным 5В). Поставил RC делитель - показания перестали прыгать. Возможно проблема именно в питании. У большинства я так понимаю таких проблем нет? Я лично 2 станции (правда DSS3) держал в руках и ничего подобного не замечал, иначе бы постарался устранить.
Может быть помеха пролазит через термопару? Попробуйте поставьте временно электролит параллельно термопаре. Может земля как-то неудачно подключена? Я лично видел, как минус питания от БП шел тоненькой дорожкой к усилителю термопар, а оттуда на нагреватель паяльника

Человек правда собирает №3 и по своим печаткам.