По вашему вопросу, по скольку я сам не слышу характера звуков, которые у вас имеются, то не могу предположить их происхождение. А значит могу посоветовать действовать методом исключения. Временно внесите изменения в схему, чтобы исключить известные причины писков:
1) Обратите внимание на "антипомеховые" интегрирующие RC цепи с "движков" переменных резисторов. Некоторые люди, рекомендуют, экранировать провода до переменных резисторов, как метод борьбы с электромагнитными и электростатическими наводками. Я же, не разу нечего там не экранировал, я, на входе на плату, с движков, сначала всегда ставлю резистор на 4,7-10 кОм, и после него конденсатор на 0,1-1 мкФ на корпус. И всё, и далее уже на остальные цепи. Постоянный резистор НА ПЛАТЕ после провода от движка, необходим, чтобы близко к крайним положениям движка переменного резистора, не снижалось действие этой RC цепи.
На схеме которую вы показали, входной резистор отсутствует. И к примеру в положении максимального напряжения, помехи почти не давятся. Хотя там сам опорный источник уже немного придавливает их своим низким выходным сопротивлением.
2) Подключен ли у вас вентилятор? Если да, то куда? Часто была у людей и у меня тоже, ситуация, что при подключении вентилятора к дежурному источнику, питающему саму микросхему (12-20 Вольт) начинались странные помехи. Источник их, трансформатор дежурного питания. Когда он недогружен, то его частота снижается вплоть до слышимого диапазона, и может как сам трансформатор свистеть, так и наводится на входные цепи микросхемы. Импульсный характер потребления вентилятора, усугубляет эту картину. Нужно отключить вентилятор, или подключить его к внешнему источнику питания. Можно даже саму TL494 запитать от внешнего источника. Так мы подтвердим или исключим наводки от дежурного преобразователя.
3) Далее, уменьшите резисторы "антивозбудных" цепочек на третей ножке, до нуля (закоротите их) и увеличьте ёмкость антивозбудных конденсаторов скажем до 1 и более микрофарад. Это, подчёркиваю, не постоянное решение, а заведомо избыточное, чтобы исключить возбуждение петель ООС.
4) Снабберная цепь на вторичной обмотке, должна быть с ёмкостью 10 нФ и не 1. Резистор 4,7-10 Ом Лучше ставить две параллельно диодам, чем одну параллельно обмотке.
5) Интегрирующая цепь на входе триггера защиты, имеет совсем не те номиналы какие надо. Она замедленная, хотя к вашей проблеме это не имеет отношения.
6) Резистор с 14 на 4 ножку, ограничивает максимальную длительность импульсов, и заполненность ШИМ. Это защищает мощные ключевые транзисторы от перегрева и сквозных токов, при обрыве ООС, в том числе при перегрузках, зарядах выходного конденсатора, если ток не ограничивается к примеру шунтом до этого конденсатора
7) А вот сочетание шунта ПОСЛЕ выходного конденсатора, и малая индуктивность дросселя, может привести к свистам, из-за больших токов зарядки конденсатора, которые появляются при большой нагрузке, так как она успевает его разрядить в паузе между импульсами. Дроссель лучше попробовать увеличить. Хорошо бы проконтролировать его индуктивность, если конечно есть чем. Так как были разные ситуации в моей и не только моей практике, приводящие к сильному снижению его индуктивности.
Пока это вроде всё что заметил.