отвечу на все вопросы

1. Отладкой в Eclipse не пользуюсь, т.к. не имею аппаратных отладчиков, с которыми его можно использовать, а программного эмулятора специально под Eclipse (точнее, под gdb) нету. тот симулятор, что идет в комплекте WinAVR - очень глючный и малоэффективный, хотя попытки его прикрутить были и даже что-то такое получалось... поэтому отлаживаю в AVR Studio и, если надо, в протеусе.
2. Плагин делает удобной работу с avr-gcc (то есть WinAVR): он содержит удобные средства настройки параметров компиляции проекта, выбор МК, имеет интерфейс с программатором фмквгву с отличным редактором fuse-битов. настройка тулчейна вручную - это сложно, а плагин все это делает за вас.
3. Редактор Eclipse очень хорош, содержит все нужные и ненужные средства по работе над исходником: умеет раскрасить текст программы, как новогоднюю елку, умеет на лету замечать ошибки синтаксиса Си, умеет сворачивать функции, макросы, циклы и т.п. блоки, умеет создавать файлы по шаблону, может сканировать include-файлы проекта и подсказывать "окончание" переменной, функции или константы-макроса... короче говоря, проще сказать, чего он не умеет: писать за вас программы

4. на счет медленности. да, индексирование - процесс довольно длительный, особенно если в настройках включено глубокое сканирование и сканирование всех подряд файлов. однако, в самой работе замедлений не заметно. настроек очень много, но имеется функция поиска настройки, что облегчает процесс существенно. например, вам надо отключить индексацию, чтобы не было замедлений. открываете окно настроек и в поле поиска вводите Index - сразу появляются закладки, где это слово встречаентся - открываете поочереди и отключаете то, что нужно. минимальное знание английского - и нет проблем.
IDE очень удобная. особенно если учесть, что она умеет самостоятельно находить установленные компиляторы и автоматом позволять работать с ними

я вот поставил MinGW - и тут же (без каких-либо телодвижений!!!) появилась возможность создавать проекты для Windows

кстати, виндовые программы уже полноценно (хотя и неторопливо) отлаживаются прямо в Eclipse.